忠南大学设有13所学院以及11个研究生院、1个特殊研究生院。

学院设置：社会科学院、自然科学院、生活科学院、工科学院、农业生命科学院、人文学院、经商学院、兽医学院、护理学院、生命系统科学院、药学院、艺术学院、体育科学学院

本科专业设置

☀人文学院

国语国文专业、英语英文专业、德语德文专业、法语法文专业、日语日文专业、汉文专业、历史系、韩国历史系、哲学系、教育学系、考古学系、语言学系、中国语中文专业

☀社会科学学院

社会学系、文献情报系、言论信息学系、社会福利学系、行政学系、政治外交学系、地区行政学系

☀自然科学学院

数学专业、信息统计学专业、物理学专业、天文宇宙科学专业、化学专业、生物化学专业、地质环境科学专业、海洋环境科学专业、体育教育学、舞蹈系（只招研究生）医学预科、兽医预科

☀经商学院

经营专业、会计专业、国际经营专业、经济专业、贸易专业

☀工学院

建筑工学专业、建筑学专业（5年）、土木工程、环境工程、机械工学系、机械设计工学系、船舶海洋工学系、航空宇宙工学系、电子机械系、电子工学专业、计算机专业、电子电波信息通讯专业、材料工学专业、应用材料工学专业、化学工学专业、高分子工学专业、精密工业化学专业、纤维工学专业、技术教育系、建筑工学教育系、金属工学教育系、机械工学教育系、电子工学教育系、电气工学教育系、化学工学教育学

☀农业生命科学学院

农作物生产科学专业、园艺学专业、山林环境资源学专业、林山工学专业、动物资源生命科学专业、乳品产业科学专业、应用生物学专业、生物环境科学专业、食品工学专业地域环境土木专业、生物产业机械专业、农业经济学

☀法学院

法律专业

☀药学院

医学系、护理学系

☀生活科学学院

衣类学专业、食品营养学专业、消费者生活信息专业

☀生命科学学院

生物学专业、微生物学专业

☀艺术学院

音乐系、管弦乐专业、绘画专业、雕塑专业、产业美术专业

研究生专业设置

☀人文学院

国语国文系、中语中文系、日语日文系、英语英文系、法语法文学科、德语德文学科、俄语俄文学科、汉文学科、历史学科、哲学学科、考古学学科、语言情报学学科、 国史学科、 教育学科、考古学科

☀社会科学院

行政学学科、政治外交学学科、社会福利学学科、社会学学科、心理学学科、文献情报学学科、新闻放送学学科、自治行政学科、言论情报学科

☀经商学院

贸易学科、经营学科、经济学科、会计学科

☀法学院

法学科

☀农业生命科学学院

农业经济学科

☀自然科学学院

数学系、电子计算机系、统计学系、物理学系、化学系、生物学系、地质学系、海洋科学系、天文宇宙科学系

☀生命科学院

生命科学科

☀农业生命科学学院

农学、森林资源学、农业化学、园艺学、农业生物学、农业土木工学、天然纤柔学、林学、动物工学、食品工学、造景学、农业机械工学、山林工学、农业经济学

☀药学院

药学科

☀医学院

护理系

☀生活科学学院

服装系，食品营养系，消费者生活信息系

☀工科学院

计算机工学、金属工学、机械工学、工业化学、建筑工学、土木工学、化学工学、高分子工学系、无机材料工学、染色工学、环境工学

☀兽医学院

兽医科

☀艺术学院

体育系，社会体育系，舞蹈系，产业美术系，音乐系，管弦乐器系

忠南大学的优势专业包括医学专业、‌工商管理专业、‌生命科学专业、‌建筑与城市规划专业、‌电子工程专业。‌

医学专业：‌忠南大学的医学专业是全球数一数二的高水平专业之一，‌成立于1979年，‌拥有11个科室和2个研究所，‌涵盖了内科、‌外科、‌儿科、‌神经学等多个医学领域。‌

工商管理专业：‌该专业的全球排名前20，‌是韩国第三位的工商管理学院，‌提供包括会计、‌金融、‌营销和人力资源等12个专业。‌

生命科学专业：‌忠南大学生命科学专业设有多个研究机构，‌涉及生物医学、‌分子生物学、‌微生物学和生物化学等多个领域。‌

建筑与城市规划专业：‌该专业涵盖了建筑、‌景观设计和城市规划的各个方面，‌设有建筑学科、‌景观设计学科和城市规划学科等多个学科。‌

电子工程专业：‌忠南大学的电子工程专业分为电子工程系、‌计算机工程系和通信工程系，‌涉及电子学、‌微电子技术、‌通信和计算机技术等多个领域，‌拥有先进的实验室设施和研究设备。‌