济州大学共设12个本科生学院和9个研究生大学院，有世界级的研究成果和优秀的教授团队，并运营各种专门研究生院。学院设有人文学院、社会科学学院、经商学院、师范学院、生命资源科学学院、海洋科学学院、自然科学学院、工科学院、教育学院、兽医学院、护理学院、艺术设计学院。

本科专业设置：

人文学院：通过对语言、文学、哲学、社会等领域的研究和学习，培养学生从事人文研究的基本素质，实现人文主义理想，成为兼备理想和实践的人才，为人类文化的提升做出贡献。

专业设置：国语国文系，英语英文系，德国学系，日语日文系，中语中文系，史学系，社会学系，哲学系

社会科学学院：培养学生逻辑性、系统性和思维方式的应用能力，使其能够成为国家和社会的栋梁之材。

专业设置：法学部 行政学部 政治外交学系 媒体宣传学系

经商学院：是济州大学的据点学院，不仅为地区和国家社会培养了大量人才，还为国家、地区社会的经济发展做出了重要贡献。济州大学经商学院教育设备齐全，可提供高质量的教学、并设立了各种奖学金和支援政策以及教育项目。

专业设置：经营系 观光经营系 会计系 贸易系 经济系 观光开发系 经营信息系

师范学院：体现教育基本法的教育理念，培养学生的主观能动性，能随时应对国际化以及多变未来的、具有使命感、优秀的教师力量，为人类的教育事业和推进人类文明进步做出贡献。

专业设置：国语教育系 英语教育系 社会教育系 伦理教育系 数学教育系 科学教育系 计算机教育系

生命资源科学学院：自2004年开始，生命资源科学学院被韩国教育人力资源部选定为“亚热带生物产业及绿色农业生命产业人力培养事业团”，向学生提供各种专业领域的学习机会。

专业系部：生物产学部（植物资源环境专业、园艺环境专业） 生命工学部 产业应用经济系

海洋科学学院：在理解海洋环境、利用开发海洋资源、活跃利用和保全海洋空间等领域，研究、教育、开发海洋科学领域的理论和方法，培养该领域的优秀人才，为地区社会、国家和人类发展做出贡献。

专业系部：海洋医学生命科学部（海洋生命科学专业、水产生命医学专业） 海洋产业警察系 地球海洋科学系 环境工学系 土木工学系 海洋系统工学系

自然科学学院：为培养以生命科学技术（BT）为基础的济州特色战略产业——健康、美容、生物产业，不仅在生物科学园的建造中发挥了主要作用，同时，为培育济州国际自由城市的七大先到项目之一的、以信息通讯技术（IT）和生命科学技术（BT）为中心的尖端产业，在济州高科技园区去的建造中也发挥了不可或缺的作用。

专业系部：物理系 生物系 化学系 食品营养系 数学系 电算统计系 生活环境福利学部 服装系 体育系

工科学院：对作为国家产业发展支柱的应用科学和尖端技术的相关理论及技术进行教育、研究，培养能够引导未来知识社会、有实力的高级技术人才，为地区经济发展做出贡献。

专业系部：食品生命工学系 机械体系工学学部 通讯工学系 能源工学系 计算机工学系 电子工学系 电气工学系 生命化学工学系 建筑学部（建筑工学专业、建筑学专业）

教育学院：在教育领域建立了比其他大学更加顶尖的设施、系统和课程设置，使教育学院成为韩国最高水准的、能够培养具有专业性、优秀品质且负有使命感的小学教师的摇篮。

专业系部：小学教育系（小学伦理教育专业、小学国语教育专业、小学数学教育专业、小学社会课程教育专业、小学科学教育专业、小学体育教育专业、小学音乐教育专业、小学美术教育专业）

兽医学院：主要围绕动物的生老病死，以及可传染给人类的禽流感或疟疾之类的人畜共通的疾病开展教学。

专业系部：兽医预科 兽医系

护理学院：护理学院率先倡导国际化教育和护理研究能力的开发，努力培养具有世界水准和创新精神的护理人才而不懈努力。

专业系部：护理系

艺术设计学院：济州大学为了培养强调艺术的表现方式和创造力，以及具备艺术理论体系、有涵养，同时具备人格和知识的、社会需要的专业艺术人才。

专业系部：音乐学部（作曲·声乐·钢琴演绎、管·弦乐专业） 产业设计学部（多媒体设计专业、文化造型设计专业） 美术学部（韩国画专业、西洋画专业、雕塑专业）